Budajenő területe régóta lakott, a legkorábbi leletek 3500 évesek, melyek közép-bronzkori település nyomait mutatják. További régészeti lelőhelyeken szkíta, római, honfoglalás-kori emlékek kerültek elő. Az Árpád-korban a település a Telki központú bencés rendi apátsághoz tartozott, melynek alapítása 1198 előtt történt. A mai település ősének Jenőnek – mely törzsi névre utal – neve 1225-ben fordult elő először írásos formában. Az utalás szerint, II. Endre király a győri várjobbágyok Jenőn (in villa Jeneu) lévő két telkét a budai szigeten lévő Szent Mihály Egyháznak adományozta.
A régi település a mai területének észak-nyugati peremén, a kápolnahegy környékén és a közelében lévő völgyben lehetett. Lakói a Telki apátság béresei voltak. Budajenőn e korszak épített örökségeként maradt meg a Kálvária-dombon és a XIV. században végleges formát kapott Szent Mihály Öregtemplom.
A középkori település a török időkben elpusztult. 1703-ban a bécsi skót bencéseké lett az apátság és a hozzá tartozó birtok. Ez fordulatot jelentett a település történelmében. A skót bencések Budajenőt tették központjukká és haladéktalanul megkezdték a németajkúak betelepítését. A bencések jelenléte Budajenőn – a XIX. sz. végéig – az egyházi és világi építkezések igen dinamikus korszakát jelentette. A 700-800 fős település új helyen, a völgyben, a patak két partján, a szomszédos dombokra kissé felkúszva alakult ki. A módosabb porták, a bencések rendháza a hozzá tartozó épületekkel, díszkerttel és az uradalmi majorság épületeivel a mai Fő utca mentén épültek. Sajnos a rend távozása után, majd a II. világháború idején pusztulásnak indult számos épület. A háborút követően a német lakosság kitelepítése, a székelyek betelepítése jelentett fordulatot a nemzetiségek megoszlásában és a kulturális örökség változásában.
A 2000-res évek körül az újabb lakóterületi fejlesztések a település szélein, a történelmi ófalut érintetlenül hagyva történtek. A központban a minőségi fejlesztés volt a cél, azaz a meglévő településkép és épületállomány megóvása, fényének visszaállítása.
Budajenő számos elismerést kapott Budai István emeritus polgármester 19 évig tartó mandátuma alatt, akinek elévülhetetlen érdemei vannak a település fejlesztésében és a történelmi épületek helyreállításában.
2009-ben Budajenő elnyerte Pest Megye Önkormányzatának Kulturális Települési Környezet Díját, a település műemléki környezetében található oktatási és közigazgatási központjának fejlesztéséért.
A Magyarországi Falumegújítási Díj 2011. pályázaton a falumegújítás több területén elért kiemelkedő teljesítményéért a Magyar Urbanisztikai Társaság Budajenő községet különdíjban részesítette.
Az UNESCO Magyar Nemzeti Bizottság Szellemi Kulturális Örökség Szakbizottsága javaslata alapján a “Mária-tisztelet zarándok és búcsú hagyománya Magyarországon” 2016-tól a Szellemi és Kulturális Örökség Nemzeti Jegyzékére felvételt nyert. Budajenőn található az ezt összefoglaló, egyedülálló “Máriaút- Zarándoklat Magyarországon, Kárpát-medencei nemzetiségek zarándok- és kegyhelyeinek” állandó kiállítása a Műemlék Magtár épületében.
A település Műemlék Magtár épülete a Baumit által kiírt Év Homlokzata 2018. pályázat műemlék kategóriájának díját is kiérdemelte.